Nachteil nicht, da du ja ummuxt in [lexicon]MKV[/lexicon], aber es macht halt auch nicht wirklich Sinn, wenn du eh auf [lexicon]MKV[/lexicon] gehst.
Wenn du die Dateien unterscheiden willst, dann gucke auf die Dateiendungen, dafür sind sie nunmal da. Das 1. was man nach Windows Installation tut ist diese unsinnige Option auszuschalten das Dateiendungen nicht angezeigt werden.
Gibt MKVMerge einen Fehler/Warnung aus?