Ich denke mal da fehlt nur ein kleiner Haken oder so
Ein Muxer manipuliert keine Spuren.
Ein Muxer ist dafür da um Tracks in einen Container zu legen - in dem Fall [lexicon]MKV[/lexicon].
Ein Zusammenmischen der Spuren wäre eine Manipulation der Spuren.
Du solltest aber nicht die OGGs re-encoden. Mische die WAVs zusammen und mach erst danach die [lexicon]OGG[/lexicon] draus.