Wie gesagt, den Grünton im Bild, weil ich kenn das auch, da haut was mit der Decodierung nicht hin.
Versuche mal im SSM die Option "Pixel Type" auf YV24 bzw. RGB zu stellen. Ich bin mir sicher das dies das Problem schon löst.
Das hat was mit den Ladefiltern zu tun die FFMS2 oder auch L-Smash nutzen.