Introvideo hinzufügen -> Hauptvideo anhängen.
Introaudio hinzufügen -> Hauptaudio anhängen.
Geht aber nur wenn es kein FLAC ist, da es sonst mitm FLAC Header Probleme gibt, wird dir MKVMergeGUI dann auch sagen.
Falls du also FLAC benutzt:
Audacity öffnen, Introaudio und Hauptaudio importieren. Komplette Hauptaudiospur markieren (Klick auf freie Stelle im linken Bereich der Spur wo Samplerate etc steht um sie komplett zu markieren)
STRG+X drücken, dann irgendwo in die Introspur reinklicken. K drücken (dann springt der Cursor ans Spurende). STRG+V drücken. Die nun leere untere Spur mit dem x schließen
Dann auf Datei -> Exportieren -> FLAC.
Dann wäre das muxen so:
Introvideo hinzufügen -> Hauptvideo anhängen.
Neue FLAC hinzufügen