Vermutlich inkorrekte Projekteinstellungen die nicht zum Quellmaterial passen.
Sollte das Intro unterschiedlich encodiert sein im Vergleich zum Hauptvideo (und sei es bloß die FPS Rate anders) dann musste das getrennt encodieren.
Also erst Intro mit Projekteinstellungen die dem Quellmaterial entsprechen encodieren und danach das Hauptvideo mit ebenfalls korrekten Projekteinstellungen.
Danach mit MKVMergeGUI zusammenmuxen.
1. Video(intro) hinzufügen, 2. Video(Hauptvideo) anhängen