Wenn du mit MeGUI bereits zurechtkommst, gibts eig. kein Grund zum Umstieg.
Beides ist nämlich eine Encodierung mit x264
MeGUI hat den Vorteil das man hier auch den Decodierungsweg bestimmen kann, es mit Avisynth arbeitet und somit unterstützt und das hier eine hervorragende Updatepflege der Encoder und Tools gehalten wird (diese 3 Punkte gehen mit Handbrake nämlich nicht)