Zitatdu hast nirgends definiert ob audio=true oder false - da wird wohl das problem liegen.
audio=false/true ist ein Parameter von AVISource, ergo nicht bei FFVideoSource nutzbar und dort auch gar nicht nötig.
Die .clt Datei ist ebenfalls nicht nötig. Der File Indexer macht für Audio eh ein seperates Script. Und in diesem seperaten Script müssen auch deine Cuts dann ebenfalls rein.