Du solltest definitiv nicht doppelt encodieren, zumindest nicht doppelt mit verlustkompression.
Evtl eine bessere [lexicon]x264[/lexicon] [lexicon]GUI[/lexicon] nutzen.
Dein Video ist in 1260x720 codiert. Sprich hat nur noch 720p auf Youtube und eine falsche Breite. 1260 statt 1280.