Ich hab keine Ahnung von Pokémon, wohl aber durchaus vom RPGMaker (auch wenn das bereits ne Weile her ist) 
Ein paar Hinweise vielleicht, wie du Schwierigkeiten bzgl. der Teamwork-Probleme, die du beschrieben hast, vermeiden kannst:
Erster und mit Abstand wichtigster Tip: Teil die mitarbeitenden Leute so ein, dass sie nicht unbedingt auf permanentes feedback der anderen Beteiligten angewiesen sind. Und dann: Sorge dafür, dass sie wissen, was sie machen sollen, und vor allem, was nicht. Stell dir das Ganze wie eine Art Baum vor, der sich mit einer "starken Wurzel" (du als story Schreiber / lead designer / whatever) immer weiter verzweigt nach oben hin, also in die einzelnen Details.
Es ist - so habe ich seinerzeit festgestellt, daran ist nämlich unser eigenes Projekt letztendlich gescheitert - auf jeden Fall sinnvoll, mit "dem großen Ganzen" zu beginnen, und sich erst danach in immer kleineren Details zu verwursten.
Es ist eine schöne Sache, von Beginn an enthusiastische Graphikdesigner, mapper und sonstige Mitarbeiter für die ganzen "kleinen" Dinge zu haben, aber, wie du schon ganz richtig sagst, es bringt nichts, wenn diese Leute stumpf drauf los basteln, nur um am Ende festzustellen, dass das, was sie gebaut haben, im Gesamtkontext vollkommen unbrauchbar ist. Das ist frustrierend und sorgt dafür, dass Leute abwandern.
GIB DEN LEUTEN (möglichst exakte) VORGABEN! (Ich kann das nicht genug betonen
).
Bzw. sorge dafür, dass sie wissen, worum sie sich NICHT kümmern brauchen (und auch nicht sollen).
Nur als kleines Beispiel: Teleporter auf einer map.
mapper sollen erstmal nur grunddesignen (was aufwändig genug ist) und sich nicht darum kümmern, wie genau und mit welchen triggern die einzelnen Teile nachher zusammenhängen. Das ist die Aufgabe von wem anders, der den Gesamtüberblick hat und das nachher ordentlich miteinander verknüpft.
Genauso wie globale events .. Ich könnte noch heute im Quadrat kotzen, wenn ich daran denke, was da an Zeit und Mühe bei uns verschwendet worden ist 