Also bei deinen vorher nur 12 mbit + dazu noch zu einer Constant Bitrate gezwungenen VBR da du ja auch max/peak bitrate auf 12 gesetzt hattest (die aber eig. deaktiviert / zumindest maximalwert sein sollte, damit VBR auch VBR bleibt, Dateigröße bestimmt ja nur die Schnittbitrate) sollte da sehr schnell Unterschied festzustellen sein, weil 12 mbit ist nich viel.
2 Encodes gleichzeitig laufen schneller als ein einzelner, erstrecht wenn du die Auflösung skalierst (was aber bekanntermaßen ja seeeeehr sinnvoll für youtube ist)
Entweder das Projekt in 2 Teile splitten und danach zusammenmuxen, oder halt 2 Videoparts gleichzeitig, so das du halt immer 2 Encodes hast. Würde halt dann schneller laufen 
Bedenke das NVEnc in H.265 statt h.264 codiert, spart dir dann aber Dateigröße
(gut an deine niedrigen 12 mbit wirds eh nich rankommen, das sollte klar sein 
edit: Achja und du brauchst bei TMPGEnc nicht mehr deine MKVs ummuxen, TMPGEnc kann MKVs öffnen.