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Paar mehr Infos wären nicht schlecht, siehe: Wie stelle ich meine Frage richtig?
Grundsätzlich klingt das so, als hättest du mittlerweile komplexeres Bildmaterial als früher, das sieht bei gleichen Einstellungen dann entsprechend schlechter aus. Aber nein, am Programm selbst dürfte es nicht liegen.
Ganz grob gesagt: Die Einstellungen verbessern. 
Aber um dir dabei helfen zu können, müssten wir erst mal wissen, wie deine jetzigen Einstellungen aussehen. Und wirklich von Anfang bis Ende, also von der Aufnahme bis hin zum fertigen Video.
Qualität zwischen Besser und Beste
Je höher die Aufnahmequalität ist, desto besser kann das Endprodukt werden. 
Bevor ich den Film hineinziehe wird er auf 30 fps runter gestuft.
Das würde ich nicht machen, denn einer der magischen Faktoren für gute Bildqualität auf YouTube sind hohe FPS-Zahlen (ab 41 FPS gibt es eine verbesserte Bitrate).
Auflösung 1920x1080
Der andere magische Faktor für gute Bildqualität. Wenn du das auf 2048x1152 erhöhst (und auf YouTube dann VP9 bekommst), kriegst du einen enormen Qualitätsschub. Auf 3200x1800 sogar noch mal mehr.
Durchschnittliche Bitrate 10000
Maximale Bitrate 12000
Und noch so ein Punkt. Je mehr Bitrate du hier reinpackst, desto besser kann das kodierte Video aussehen, und je besser das aussieht, desto besser kann die von YouTube kodierte Datei aussehen.
Anti-Interlacefilter verwenden hab ich mal rrin gemacht, bringt kaum was.
Die bringen auch nur was, wenn du Interlaced aufnimmst, was du ja nicht tust.
Das waren jetzt erst mal nur die kleinen Verbesserungen innerhalb Magix. Es gibt darüber hinaus noch massig andere Verbesserungen wie x264vfw, womit du deinen allgemeinen Workflow verbessern könntest - falls du Interesse haben solltest.
Anti-Interlacefilter verwenden hab ich mal rrin gemacht, bringt kaum was.
Dadurch dürftest du 'nen schönen Kammeffekt bei Bewegung nun drin haben. Es sei denn Magix wusste, das es progressives Video ist, dann wird er ihn eh ignoriert haben (hoffentlich)
Durchschnittliche Bitrate 10000
Maximale Bitrate 12000
Warum denn immer eine max bitrate 
Und mit 'nem max Peak von 12000, machste daraus ja schon fast 'ne konstante Bitrate.
Außerdem sind die Werte viel zu niedrig. Kann ja nur schief gehen. Vor allem wenns nur 1pass sein sollte und dazu noch dieser schlechte Magix Encoder. Und auch mit 2pass kannste da ebenfalls bei halbwegs komplexen Material keine Wunder erwarten mit.
1920x1080 wird eh Pampe auf Youtube. Mind. 2048x1152 musste da schon nehmen.
edit: Ich hoffe auch mal das deine Elgato zumindest für's Auge verlustfrei aufnimmt, und da bin ich auch schon skeptisch, denn irgendwo sah ich mal Bilder, wo das nicht so wirklich der Fall ist.
Die FPS würde ich dennoch auf 60 machen. Das Video ist dadurch viel angenehmer bei Bewegungen und co.
So viel Bitrate, wie du deiner Internetleitung zutraust. 
Aber die Auflösung ist wichtiger. Und MPEG-4 kann bleiben.
Und vor allem keine max bitrate. Garantiert mal wieder nicht abschaltbar bei oller timeline software, aber dann mach wenigstens 5.2 high und den maximalwert rein.
Es ist einfach total schwachsinnig den Peak zu begrenzen. Sowas brauch man nur bei hardware player.
Ich nutze TMPGEnc VMW 6. 
MeGUI 
Was hat es mit der GOP Struktur auf sich und ist Automatisch da am besten?
Die GOP ist die Group of Picture. Also auf Deutsch die Gruppe von Bildern.
Diese untergliedern sich in I-Frames (also Keyframes / dt.: Schlüsselframes), P-Frames und B-Frames.
Letztere sind Referenzbezogene Frames.
Als Faust Regel für die Einstellung der GOP gilt:
minimale GOP Länge = FPS
maximale GOP Länge = FPS * 10
Wenn die Einstellung bei dir auf Automatisch ist kümmert sich dein Programm darum welche Werte genommen werden. Die meisten richten sich aber oft nach der Faust Regel.
CPB hab ich ja null, muss da was rein?
Die CPB ist der Coded Picture Buffer. Auf blöd Deutsch also der kodierte Bild Speicher.
Ist nix anderes als der VBV (Video Buffer Verifier).
Steht dieser bei H264 auf 0 so wird er automatisch bezogen.
Beschreibt halt die Speichernutzung wieviel Bits als Zwischengelagert werden können.
Im Falle von x264 gibt es 3 verschiedene Angaben des VBV's
Die VBV-maxrate in kbit/s sollte da auf 0 stehen. Diese stellt die maximalen Datenraten des Videos ein. Für Hardware Player eher interessant, da diese oftmals Limitierungen haben.
Die VBV-bufsize in kbit sollte ebenfalls auf 0 stehen. Diese legt die Größe des VBV Speichers an. Auch wieder eher was für Hardware Player, aufgrund von Limitierungen.
Und die VBV-init. Dieser Wert ist ein Prozentualer Wert zwischen 0.0 und 1.0 und gibt an wie viel der VBV Speicher gefüllt sein muss bis er die Wiedergabe startet. Standardmäßig ist diese Einstellung auf 0.9 sprich 90% eingestellt. Dies sollte für den PC recht uninteressant sein und eher was wieder für Hardware Player.
Hardware Player sind z.B.: Fernseher mit eingebauter USB Videowiedergabe oder Konsolen mit eingebauten Video Playern oder Handys oder oder oder. Sprich alle Geräte die feste vorgegebene Limitierungen setzen. Sind diese Limitierungen nicht vorhanden, werden die Videos auf diesen Geräten nicht unterstützt.
Kodiequalität sollte auch Ausgeglichen sein?
Sofern du mit dem Ergebnis zufrieden bist. Das ist deine Entscheidung. ;D
Wenn die Einstellung bei dir auf Automatisch ist kümmert sich dein Programm darum welche Werte genommen werden. Die meisten richten sich aber oft nach der Faust Regel.
Bei Timelineprogrammen kann ich dir da sagen "die meisten" das glaubst auch nur du
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