Abgesehen von x264 wird da alles 32bit sein.
Wobei ich bei FLAC nicht sicher bin, ob es den auch als 64bit geben würde.
Es gibtn MeGUI 64bit, aber das Teil ist uralt.
Ich denke da wirste dann selbst hand anlegen müssen und dein 32bit MeGUI in der Hinsicht ändern müssen, was dann auch nur solange hält bis MeGUI was davon updatet.
Wirklich lohnen würdes meines Erachtens nur für MKVMerge und Avisynth. Im Falle Avisynth müsstest du aber tatsächlich dann 64bit MeGUI haben. Und das Teil ist derart alt, das ich es dir nicht anraten würde.
PS: