Öh ein paar kleine Anmerkungen. Bei Geräten, an denen man den Gain selbst regeln kann, sollte man unter Windows soweit gehen, dass es auf 0 dB einpegelt. Mach einfach mal einen Rechtsklick auf den Pegel-Regler unter Windows und stell auf dB und schieb das Ganze auf 0 dB. Danach regelst du deine Lautstärke über den Gainregler.
Was vielleicht nicht komplett auszuschließen ist, da es hier letztens auch schon mal vorkam: Deaktivier sämtliche Soundbearbeitung im Soundtreiber der Onboard-Soundkarte, konkret Dinge wie Nachhallunterdrückung, Rauschentfernung etc... das SOLLTE keinen Einfluss auf USB-Mikros haben, da sie eigenständige Soundgeräte sind, manch verquerer Onboard-Treiber scheint da aber trotzdem reingrätschen zu können. Also: sicher ist sicher.
Ansonsten höre ich da durchaus einen himmelweiten Unterschied zwischen den Aufnahmen. Irgendwas passt da definitiv nicht. Ach und der übliche Tipp: verschiedene USB-Anschlüsse versuchen, auch hier kann es manchmal zu seltsamem Verhalten kommen.