Guck mal bei deinem Video @ 22:58
Da ist dein Profil auf 29,97 fps eingestellt 
Darum hat er es auch mit 29,97 fps geschrieben.
LOL dein Syberia lässt sich so dermaßen gut komprimieren, das du es glatt lossless hochladen könntest 
Zumal da noch total kompressionspotential hinter steckt, wenn man stärkeres x264 preset nehmen würde.
Einfach nur krass 
Da hasts gut bei dem Spiel

Da wär ja dann auch locker 2048x1152 drin gewesen 
Die x264 Settings beeinflussen bei CRF eh nur noch die Dateigröße vs Encodierzeit. Von daher ist klar das du keine Qualitätsunterschiede siehst. Wäre auch schlimm wenns so wäre bei CRF^^ Denn dann würde CRF verbuggt sein.
Du solltest ref-frames wenigstens auf 3 machen, dürfte die kompression bereits deutlich verbessern. Ref-frames sind gutes Komprimierpotential. Max b-frames würd ich auch wenigstens 3 machen und weighted p-frame auch nicht unbedingt deaktiviert.
Aber letztendlich musste das selbst wissen.^^
Da dein Video eh ziemlich sehr schnell durchencodiert seh ich aber nicht das Problem die Einstellungen zu machen. Ich finde da kann man durchaus eben mehr komprimieren lassen dann..
Aber wie gesagt, ist ja deine Sache.
Kann man denn beim Handbrake kein x264 eigenes Profil auswählen?
Die Profile vom x264 sind nämlich recht gut und sinnvoll ausbalanciert.
Preset Slow komprimiert sehr gut und sollte bei dir immer noch ziemlich zügig encodieren.
MKVMerge wird btw MKVMörtsch (so sinngemäß^^ kann keine Lautschrift ^^) ausgesprochen, und nicht merge 
Genauso heißt HuffYUV "haff YPSILON U V", nicht J. wo siehst du da ein J? 