Warum hast du nicht einfach den Text hier reinkopiert? Dadurch fehlt nämlich zudem ein Teil von den Kodierungseinstellungen wenn du es als Bild machst.
Der Container ist ganz sicher nicht schuld wenn Youtube bei dir Probleme macht. Ich lade rein nur MKV Container hoch und Youtube hat bisher mir auch bis heute absolut jedes Video verarbeitet.
Welches Preset haste von mir genommen? Sieht nach dem FAST Profil aus (subme 6 etc). Du solltest wenigstens Medium nehmen.
Wenn du es auf 2048x1152 machst, musste auch bei entsprechend kompliziertem Videomaterial und gutem CRF Faktor damit rechnen das es auch mal groß ausfallen kann.
Entweder CRF Faktor vergrößern, oder die Auflösung kleiner.
Kleinere Auflösung bedeutet natürlich auch das auf Youtube auch nur kleinere Qualitäten verfügbar sind.
Achja bei MP4 fällts minimal sogar größer aus ( ~1mbyte vllt), da der MP4 Container größeren Header hat.
Ich versteh gar nicht, warum ihr immer glaubt das MP4 für Youtube besser sei 
Interessant ist doch was in dem Container drinsteckt. (Video und Audio Codec)