Wenn Videos ruckeln, dann kommt meist die Festplatte nicht hinterher mit dem Schreiben. Das mit dem Abtrennen kann entweder der Stromsparmodus im BIOS sein noch oder die Festplatte ist defekt (war bei mir der Fall). Du kannst die Teile aber im Normalfall aus dem Gehäuse bauen und intern benutzen, so kannst du überprüfen, ob im Gehäuse der Festplatte eventuell auch nur eine Verbindung defekt ist oder ob es echt die Festplatte an sich ist.
Wobei halt auch x264 gern zu ruckeligen Videos neigt, was aber auf Youtube nicht mehr zu sehen ist. Kannst das ja mal testweise dort hochladen und schauen, ob es da auch ruckelt. Wenn ja, liegt es eher an der Schreibrate deiner Festplatte, wobei 6 Mbit/s ja jetzt nicht viel sind.