Ich denke eher du hast bei [lexicon]MeGUI[/lexicon] vergessen zu [lexicon]muxen[/lexicon].
Tools - Muxer - [lexicon]MKV[/lexicon] Muxer
Dann beim Video Input die [lexicon]MKV[/lexicon] rein
Beim Audio Input die Audiospur rein
auf Queue
Nun den job starten.
(es kann sein das im Tutorial das ganze mit [lexicon]MKVMergeGUI[/lexicon] gezeigt wurde. Aber wirst ja selber wissen ob du das gemacht hast.)